Teste

arr[0] = "aba" 
arr[1] = "bbb" 
arr[2] = "bab" 

x = (arr[0].charAt(0) == arr[1].charAt(0)) + (arr[0].charAt(1) == arr[1].charAt(1)) + (arr[0].charAt(2) == arr[1].charAt(2))

Se x = 2 significa que 1 letra é diferente e 2 é igual