CIBERSORTx-EcoTyper logs
These logs summarize the output of CIBERSORTx when run on bulk-data in discovery mode, which fail due to segmentation faults.
NoahHK
plain_text
2 years ago
23 kB
11
Indexable
Never
# I always add a 'conda activate' to the slurm scripts just in case
CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run
$ conda init <SHELL_NAME>
Currently supported shells are:
- bash
- fish
- tcsh
- xonsh
- zsh
- powershell
See 'conda init --help' for more information and options.
IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.
# there is a ulimit line in the slurm script which does not have any effect...
/var/spool/slurmd/job9184277/slurm_script: line 23: ulimit: open files: cannot modify limit: Operation not permitted
# -------------------------
# Actual output starts here
# -------------------------
Running EcoTyper...
Step 1 (cell type fraction estimation): Running CIBERSORTxFractions on the discovery dataset...
Running CIBERSORTx fractions with no batch correction, using the 'TR4' signature matrix and 'TCGA_bulk_discovery' dataset.
Running on singularity...
>Running CIBERSORTxFractions...
>[Options] username: {myemail}
>[Options] token: {mytoken}
>[Options] mixture: /src/data/mixture.txt
>[Options] sigmatrix: /src/data/sigmatrix.txt
>[Options] sourceGEPs: /src/data/sourceGEPs.txt
>[Options] verbose: TRUE
>=============CIBERSORTx Settings===============
>Mixture file: /src/data/mixture.txt
>Signature matrix file: /src/data/sigmatrix.txt
>Enable verbose output
>==================CIBERSORTx===================
column CD10 CD31 CD45 EPCAM P-value Correlation RMSE %Completed
WARNING: ignoring environment value of R_HOME
Warning message:
In fread(X_file, header = F, sep = "\t") :
File '/src/outdir//temp.Fractions.coreSVR.X.tsv' has size 0. Returning a NULL data.table.
Warning message:
In fread(Y_file, header = F, sep = "\t") :
File '/src/outdir//temp.Fractions.coreSVR.Y.tsv' has size 0. Returning a NULL data.table.
Error: $ operator is invalid for atomic vectors
In addition: Warning message:
In mclapply(1:length(nus), res, Y[, j], mc.cores = length(nus)) :
all scheduled cores encountered errors in user code
Execution halted
1 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 0.235849
2 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 0.471698
3 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 0.707547
4 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 0.943396
5 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 1.17925
6 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 1.41509
7 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 1.65094
8 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 1.88679
9 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 2.12264
10 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 2.35849
11 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 2.59434
12 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 2.83019
13 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 3.06604
14 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 3.30189
15 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 3.53774
16 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 3.77358
17 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 4.00943
18 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 4.24528
19 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 4.48113
20 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 4.71698
21 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 4.95283
22 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 5.18868
23 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 5.42453
24 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 5.66038
25 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 5.89623
26 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 6.13208
27 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 6.36792
28 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 6.60377
29 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 6.83962
30 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 7.07547
31 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 7.31132
32 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 7.54717
33 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 7.78302
34 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 8.01887
35 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 8.25472
36 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 8.49057
37 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 8.72642
38 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 8.96226
39 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 9.19811
40 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 9.43396
41 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 9.66981
42 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 9.90566
43 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 10.1415
44 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 10.3774
45 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 10.6132
46 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 10.8491
47 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 11.0849
48 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 11.3208
49 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 11.5566
50 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 11.7925
51 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 12.0283
52 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 12.2642
53 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 12.5
54 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 12.7358
55 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 12.9717
56 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 13.2075
57 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 13.4434
58 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 13.6792
59 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 13.9151
60 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 14.1509
61 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 14.3868
62 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 14.6226
63 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 14.8585
64 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 15.0943
65 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 15.3302
66 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 15.566
67 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 15.8019
68 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 16.0377
69 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 16.2736
70 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 16.5094
71 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 16.7453
72 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 16.9811
73 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 17.217
74 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 17.4528
75 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 17.6887
76 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 17.9245
77 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 18.1604
78 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 18.3962
79 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 18.6321
80 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 18.8679
81 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 19.1038
82 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 19.3396
83 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 19.5755
84 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 19.8113
85 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 20.0472
86 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 20.283
87 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 20.5189
88 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 20.7547
89 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 20.9906
90 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 21.2264
91 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 21.4623
92 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 21.6981
93 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 21.934
94 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 22.1698
95 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 22.4057
96 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 22.6415
97 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 22.8774
98 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 23.1132
99 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 23.3491
100 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 23.5849
101 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 23.8208
102 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 24.0566
103 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 24.2925
104 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 24.5283
105 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 24.7642
106 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 25
107 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 25.2358
108 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 25.4717
109 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 25.7075
110 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 25.9434
111 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 26.1792
112 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 26.4151
113 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 26.6509
114 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 26.8868
115 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 27.1226
116 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 27.3585
117 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 27.5943
118 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 27.8302
119 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 28.066
120 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 28.3019
121 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 28.5377
122 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 28.7736
123 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 29.0094
124 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 29.2453
125 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 29.4811
126 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 29.717
127 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 29.9528
128 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 30.1887
129 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 30.4245
130 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 30.6604
131 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 30.8962
132 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 31.1321
133 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 31.3679
134 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 31.6038
135 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 31.8396
136 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 32.0755
137 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 32.3113
138 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 32.5472
139 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 32.783
140 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 33.0189
141 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 33.2547
142 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 33.4906
143 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 33.7264
144 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 33.9623
145 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 34.1981
146 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 34.434
147 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 34.6698
148 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 34.9057
149 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 35.1415
150 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 35.3774
151 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 35.6132
152 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 35.8491
153 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 36.0849
154 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 36.3208
155 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 36.5566
156 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 36.7925
157 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 37.0283
158 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 37.2642
159 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 37.5
160 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 37.7358
161 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 37.9717
162 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 38.2075
163 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 38.4434
164 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 38.6792
165 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 38.9151
166 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 39.1509
167 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 39.3868
168 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 39.6226
169 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 39.8585
170 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 40.0943
171 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 40.3302
172 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 40.566
173 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 40.8019
174 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 41.0377
175 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 41.2736
176 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 41.5094
177 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 41.7453
178 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 41.9811
179 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 42.217
180 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 42.4528
181 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 42.6887
182 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 42.9245
183 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 43.1604
184 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 43.3962
185 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 43.6321
186 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 43.8679
187 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 44.1038
188 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 44.3396
189 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 44.5755
190 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 44.8113
191 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 45.0472
192 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 45.283
193 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 45.5189
194 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 45.7547
195 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 45.9906
196 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 46.2264
197 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 46.4623
198 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 46.6981
199 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 46.934
200 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 47.1698
201 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 47.4057
202 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 47.6415
203 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 47.8774
204 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 48.1132
205 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 48.3491
206 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 48.5849
207 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 48.8208
208 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 49.0566
209 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 49.2925
210 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 49.5283
211 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 49.7642
212 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 50
213 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 50.2358
214 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 50.4717
215 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 50.7075
216 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 50.9434
217 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 51.1792
218 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 51.4151
219 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 51.6509
220 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 51.8868
221 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 52.1226
222 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 52.3585
223 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 52.5943
224 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 52.8302
225 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 53.066
226 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 53.3019
227 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 53.5377
228 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 53.7736
229 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 54.0094
230 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 54.2453
231 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 54.4811
232 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 54.717
233 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 54.9528
234 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 55.1887
235 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 55.4245
236 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 55.6604
237 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 55.8962
238 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 56.1321
239 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 56.3679
240 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 56.6038
241 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 56.8396
242 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 57.0755
243 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 57.3113
244 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 57.5472
245 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 57.783
246 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 58.0189
247 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 58.2547
248 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 58.4906
249 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 58.7264
250 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 58.9623
251 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 59.1981
252 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 59.434
253 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 59.6698
254 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 59.9057
255 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 60.1415
256 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 60.3774
257 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 60.6132
258 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 60.8491
259 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 61.0849
260 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 61.3208
261 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 61.5566
262 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 61.7925
263 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 62.0283
264 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 62.2642
265 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 62.5
266 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 62.7358
267 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 62.9717
268 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 63.2075
269 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 63.4434
270 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 63.6792
271 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 63.9151
272 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 64.1509
273 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 64.3868
274 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 64.6226
275 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 64.8585
276 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 65.0943
277 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 65.3302
278 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 65.566
279 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 65.8019
280 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 66.0377
281 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 66.2736
282 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 66.5094
283 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 66.7453
284 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 66.9811
285 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 67.217
286 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 67.4528
287 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 67.6887
288 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 67.9245
289 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 68.1604
290 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 68.3962
291 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 68.6321
292 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 68.8679
293 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 69.1038
294 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 69.3396
295 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 69.5755
296 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 69.8113
297 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 70.0472
298 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 70.283
299 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 70.5189
300 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 70.7547
301 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 70.9906
302 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 71.2264
303 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 71.4623
304 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 71.6981
305 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 71.934
306 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 72.1698
307 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 72.4057
308 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 72.6415
309 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 72.8774
310 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 73.1132
311 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 73.3491
312 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 73.5849
313 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 73.8208
314 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 74.0566
315 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 74.2925
316 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 74.5283
317 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 74.7642
318 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 75
319 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 75.2358
320 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 75.4717
321 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 75.7075
322 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 75.9434
323 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 76.1792
324 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 76.4151
325 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 76.6509
326 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 76.8868
327 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 77.1226
328 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 77.3585
329 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 77.5943
330 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 77.8302
331 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 78.066
332 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 78.3019
333 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 78.5377
334 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 78.7736
335 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 79.0094
336 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 79.2453
337 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 79.4811
338 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 79.717
339 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 79.9528
340 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 80.1887
341 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 80.4245
342 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 80.6604
343 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 80.8962
344 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 81.1321
345 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 81.3679
346 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 81.6038
347 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 81.8396
348 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 82.0755
349 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 82.3113
350 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 82.5472
351 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 82.783
352 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 83.0189
353 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 83.2547
354 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 83.4906
355 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 83.7264
356 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 83.9623
357 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 84.1981
358 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 84.434
359 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 84.6698
360 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 84.9057
361 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 85.1415
362 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 85.3774
363 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 85.6132
364 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 85.8491
365 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 86.0849
366 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 86.3208
367 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 86.5566
368 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 86.7925
369 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 87.0283
370 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 87.2642
371 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 87.5
372 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 87.7358
373 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 87.9717
374 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 88.2075
375 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 88.4434
376 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 88.6792
377 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 88.9151
378 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 89.1509
379 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 89.3868
380 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 89.6226
381 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 89.8585
382 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 90.0943
383 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 90.3302
384 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 90.566
385 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 90.8019
386 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 91.0377
387 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 91.2736
388 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 91.5094
389 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 91.7453
390 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 91.9811
391 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 92.217
392 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 92.4528
393 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 92.6887
394 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 92.9245
395 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 93.1604
396 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 93.3962
397 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 93.6321
398 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 93.8679
399 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 94.1038
400 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 94.3396
401 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 94.5755
402 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 94.8113
403 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 95.0472
404 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 95.283
405 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 95.5189
406 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 95.7547
407 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 95.9906
408 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 96.2264
409 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 96.4623
410 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 96.6981
411 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 96.934
412 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 97.1698
413 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 97.4057
414 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 97.6415
415 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 97.8774
416 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 98.1132
417 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 98.3491
418 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 98.5849
419 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 98.8208
420 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 99.0566
421 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 99.2925
422 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 99.5283
423 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 99.7642
424 0.25 0.25 0.25 0.25 9999 0 -nan 100
Running CIBERSORTx fractions with B-mode batch correction, using the 'LM22' signature matrix and 'TCGA_bulk_discovery' dataset.
Running on singularity...
>Running CIBERSORTxFractions...
>[Options] username: noah.kleinschmidt@students.unibe.ch
>[Options] token: 75d719fbb04eb7eae1705c75515c4db9
>[Options] mixture: /src/data/mixture.txt
>[Options] sigmatrix: /src/data/sigmatrix.txt
>[Options] sourceGEPs: /src/data/sourceGEPs.txt
>[Options] rmbatchBmode: TRUE
>[Options] verbose: TRUE
>=============CIBERSORTx Settings===============
>Mixture file: /src/data/mixture.txt
>Signature matrix file: /src/data/sigmatrix.txt
>Enable verbose output
>Do B-mode batch correction
>==================CIBERSORTx===================
WARNING: ignoring environment value of R_HOME
Warning message:
In fread(X_file, header = F, sep = "\t") :
File '/src/outdir//temp.Fractions.coreSVR.X.tsv' has size 0. Returning a NULL data.table.
Warning message:
In fread(Y_file, header = F, sep = "\t") :
File '/src/outdir//temp.Fractions.coreSVR.Y.tsv' has size 0. Returning a NULL data.table.
Error: $ operator is invalid for atomic vectors
In addition: Warning message:
In mclapply(1:length(nus), res, Y[, j], mc.cores = length(nus)) :
all scheduled cores encountered errors in user code
Execution halted
sh: line 10: 62182 Segmentation fault singularity exec -c -B /data/users/noahkleinschmidt/EcoTyper/scratchdir/:/tmp -B /data/users/noahkleinschmidt/EcoTyper/ecotyper/CIBERSORTx/fractions/discovery/TCGA_bulk_discovery/LM22/B_mode/:/src/data -B /data/users/noahkleinschmidt/EcoTyper/ecotyper/CIBERSORTx/fractions/discovery/TCGA_bulk_discovery/LM22/B_mode/:/src/outdir /data/users/noahkleinschmidt/EcoTyper/cibersortx/cibersortx_fractions.sif /src/CIBERSORTxFractions --username noah.kleinschmidt@students.unibe.ch --token 75d719fbb04eb7eae1705c75515c4db9 --mixture /src/data/mixture.txt --sigmatrix /src/data/sigmatrix.txt --sourceGEPs /src/data/sourceGEPs.txt --rmbatchBmode TRUE --verbose TRUE
Error:
Execution halted
Error:
Execution halted
Error in RunJobQueue() :
EcoTyper failed. Please check the error message above!
Execution halted