tovak_ilk_gun_r_code

#author: dr zeki ozen
#csv veri dosyalari okunuyor
admissions <- read.csv(file = 'MIMIC_3_DB_December/ADMISSIONS.csv')
diagnoses_icd <- read.csv(file = 'MIMIC_3_DB_December/D_ICD_DIAGNOSES.csv')


head(admissions)
summary(admissions)

#kac kisinin oldugu bilgisi
olum_sayisi<-NROW(which(admissions$DEATHTIME!=''))

#olenlerin verisi icin ayri bir dataframe olusturuluyor
olenler <- admissions[which(admissions$DEATHTIME!=''),]

#olum bilgisinin oldugu olenler ile 
#hastalik kodunun oldugu diagnase dataframeleri birlestiriliyor
birlesik_tablo<-merge(x=olenler, y=diagnoses_icd, by ="ROW_ID")

#covid-19dan olenlerin satir idleri bulunuyor.
which(birlesik_tablo$ICD9_CODE==7982)

#covid-19dan olen kisinin verisi ekrana basiliyor
birlesik_tablo[which(birlesik_tablo$ICD9_CODE==7982),]


#olen kisilerin hastaneye yatis ve olum tarihleri date formatina cevriliyor
olenler$ADMITTIME<- as.Date (olenler$ADMITTIME)
olenler$DEATHTIME<- as.Date (olenler$DEATHTIME)


#olen kisilerin yogun bakima yatis ve olum tarihleri arasindaki fark hesaplaniyor
kac_gunde_olmus <-olenler$DEATHTIME-olenler$ADMITTIME

#hastanede yatma surelerinin histograminin cizdirilmesi icin
#iki tarih arasi farkin numerik veri tipine cevrilmesi gerekiyor
kac_gunde_olmus <-as.numeric(kac_gunde_olmus, units="days")


#asagidaki kod hastaneye yatis tarihi olum tarihinden sonra olan
#muhtemel hatali kayitlari verir
muhtemel_hatali_tarihler<-kac_gunde_olmus[which((kac_gunde_olmus <0) == TRUE)]


#asagidaki kod ise olenlerin yogun bakimda kaldigi gun sayisinin
#histogram grafigini cizer
#dikkat edilirse eksi tarihli kayitlarin oldugu gorulecektir (0'in solu)
hist(
  x = kac_gunde_olmus,
  breaks = 50,
  xlim = c(-20, 100),
  ylim = c(0, 2500),
  xlab = 'Gun',
  ylab = 'Frekans',
  main = 'Olum oncesi yogun bakimda kac gun'
)